O CONSU é o órgão com maior poder deliberativo da UNIFESP, é presidido pela reitoria e possui 8 estudantes da graduação e 4 da pós graduação. Todas as grandes decisões passam por ele, como a elaboração de diretrizes da universidade, o acompanhamento e avaliação das atividades, a homologação das indicações da reitoria para as pró-reitorias, deliberação sobre doações e parcerias e elaboração da lista tríplice para a reitoria. Além disso ele pode reexaminar as decisões dos outros conselhos centrais. A criação de um novo curso (como o de Geografia, na Zona Leste) ou elaboração de um posicionamento em nome da universidade (como ocorreu com a nota manifestando recusa ao projeto Future-se em 2019) também são competências deste conselho.