O departamento de relações externas tem como uma das principais funções estabelecer e manter o contato com as principais entidades que estão conectadas à atuação do CAPB à nível local (da Unifesp), estadual e nacional, que fazem parte do movimento estudantil, universitário e dos trabalhadores.
Somos estudantes de um dos cursos de graduação da Unifesp. Compomos, junto aos estudantes dos outros cursos da nossa universidade, a categoria estudantil. Em cada curso, cada fração do corpo estudantil possui sua respectiva entidade representativa, os centros e diretórios acadêmicos. Essas entidades são importantes pois podem atuar nas especificidades de cada curso, porém existem questões que são demandas da categoria estudantil como um todo. Daí a necessidade de que haja comunicação e formas de articulação entre essas entidades. Para a representação da categoria estudantil da graduação como um todo há o Diretório Central dos Estudantes (DCE). A Associação dos pós Graduandos (APG) faz a representação dos estudantes dos cursos de pós-graduação da Unifesp. O departamento de relações externas atua fazendo mediação com as entidades estudantis da Unifesp, ou seja, os centros e diretórios acadêmicos de outros cursos, o nosso Diretório Central dos Estudantes (DCE) a a Associação de Pós-graduandos. 
Na universidade, além da categoria estudantil, temos a categoria dos Técnicos Administrativos em Educação (TAEs), que se organizam por suas demandas através da entidade SINTUNIFESP e dos Docentes, que o fazem por meio da ADUNIFESP. Junto aos técnicos e docentes, compomos a comunidade universitária e, junto a essas categorias, sofremos os processos de ataque às universidades públicas, problemas estruturais deficitários, ausência de espaços de convivência, entre outros, que apontam para a necessidade de termos meios de fazermos contato e nos apoiarmos. Nesse contexto, o departamento de relações externas, é o responsável por estabelecer tal comunicação.
Agora, pensando em nós enquanto estudantes de um curso de medicina, temos muitas vezes demandas semelhantes (e mesmo que diferentes, importantes) aos outros estudantes de medicina do país, não só em relação à educação médica e ao currículo, mas também ao nosso papel na construção de um projeto de saúde no Brasil, e para tal há a DENEM, a Direção Executiva Nacional dos Estudantes de Medicina, por meio da qual nos articulamos enquanto movimento estudantil de medicina. O departamento de relações externas é essencial para manter a comunicação com a DENEM e com os outros centros acadêmicos de outras faculdades de medicina do Brasil.